Programmieren in Python für Biologen Schulung

Haupt-Reiter

Kurs Code

progbio

Dauer

28 Stunden (usually 4 days including breaks)

Voraussetzungen

Grundkenntnisse in Biologie wie Kenntnis von Protein, RNA und DNA-Sequenzen.

Überblick

Dieser Kurs richtet sich an:

  • Wissenschaftler, die mit biologischen Daten arbeiten.
  • Forscher, die Routineaufgaben automatisieren möchten.
  • Biologen, die Ihre Arbeit mit einfachen Programmen verstärken möchten ohne gleich Vollzeitprogrammierer zu werden.
  • Manager, die ein Grundverständnis für die Arbeit von Programmierern erlangen möchten.

Am Ende des Kurses werden die Teilnehmer in der Lage sein kurze Programme selbständig zu schreiben, um biologische Daten zu analysieren und zu manipulieren.

Schulungsübersicht

Einführung in die Programmiersprache Python

  • Warum Python?
  • Python als Werkzeug für Biologen
  • Die Kommandozeile iPython
  • Ihr erstes Programm
  • Skripte in Python
  • Module importieren

Arbeiten mit Sequenzen von DNA, RNA und Proteinen

  • Muster in Sequenzen finden
  • Transkription und Translation
  • Sequenzalignments verarbeiten
  • Biopython

Biologische Datenformate lesen

  • FASTA
  • Genbank
  • Bäume
  • NGS-Daten
  • 3D-Strukturen
  • Formate umwandeln

Bioinformatische Analysetools verwenden

  • Lokale Programme starten
  • Web Services verwenden
  • BLAST
  • Automatische Pipelines erstellen

Tabellarische Daten

  • Tabellen lesen und schreiben
  • Daten aus MS Excel / OpenOffice importieren
  • Sortieren nach mehreren Kriterien
  • Suchen in grossen Dateien
  • Filtern von Duplikaten

Statistische Analyse

  • Durchschnitt, Standardabweichung und Median berechnen
  • Chi-Quadrat-Tests
  • Die Schnittstelle von Python zu R

Datenvisualisierung

  • Scatterplots generieren   
  • Säulen-, Balken-, und Kuchendiagramme erstellen
  • Die Fläche unter einer Kurve berechnen (Area Under Curve, AUC)

Öffentlicher Klassenraum Öffentlicher Klassenraum
Teilnehmer aus verschiedenen Organisationen. Die Themen können hier nicht angepasst werden.
Von 3268EUR
(1)
Privater Klassenraum Privater Klassenraum
Die Teilnehmer sind aus einem Unternehmen. Externe Teilnehmer sind nicht erlaubt. Der Kurs ist speziell auf eine Gruppe zugeschnitten, Die Themen werden genau auf die Bedürfnisse der Teilnehmer abgestimmt.
Privater Fernkurs Privater Fernkurs
Der Anleiter und die Teilnehmer befinden sich an unterschiedlichen Orten und kommunizieren über das Internet miteinander.
Von 3690EUR
Angebot erfragen

Je mehr Teilnehmer, desto höher die Ersparnis pro Teilnehmer. Die Tabelle reflektiert den Preis pro Teilnehmer und dient zur Veranschaulichung. Die tatsächlichen Preise können jedoch abweichen.

Number of Delegates Öffentlicher Klassenraum Privater Fernkurs
1 3268EUR 3690EUR
2 2159EUR 2345EUR
3 1789EUR 1897EUR
4 1605EUR 1673EUR
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Kommende Kurse

OrtSchulungsdatumKurspreis (Fernkurs / Schulungsraum)
BaselDo, 2016-12-22 08:002768EUR / 3268EUR

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Course Ort Schulungsdatum Kurspreis (Fernkurs / Schulungsraum)
WildFly Application Serververwaltung Bern Do, 2016-12-15 09:30 2495EUR / 2995EUR

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