Programmieren in Python für Biologen Schulung

Haupt-Reiter

Schulungsprache

Dieser Kurs wird auf Deutsch und Englisch angeboten

Course Code

progbio

Dauer

28 Stunden (usually 4 days including breaks)

Voraussetzungen

Grundkenntnisse in Biologie wie Kenntnis von Protein, RNA und DNA-Sequenzen.

Überblick

Dieser Kurs richtet sich an:

  • Wissenschaftler, die mit biologischen Daten arbeiten.
  • Forscher, die Routineaufgaben automatisieren möchten.
  • Biologen, die Ihre Arbeit mit einfachen Programmen verstärken möchten ohne gleich Vollzeitprogrammierer zu werden.
  • Manager, die ein Grundverständnis für die Arbeit von Programmierern erlangen möchten.

Am Ende des Kurses werden die Teilnehmer in der Lage sein kurze Programme selbständig zu schreiben, um biologische Daten zu analysieren und zu manipulieren.

Schulungsübersicht

Einführung in die Programmiersprache Python

  • Warum Python?
  • Python als Werkzeug für Biologen
  • Die Kommandozeile iPython
  • Ihr erstes Programm
  • Skripte in Python
  • Module importieren

Arbeiten mit Sequenzen von DNA, RNA und Proteinen

  • Muster in Sequenzen finden
  • Transkription und Translation
  • Sequenzalignments verarbeiten
  • Biopython

Biologische Datenformate lesen

  • FASTA
  • Genbank
  • Bäume
  • NGS-Daten
  • 3D-Strukturen
  • Formate umwandeln

Bioinformatische Analysetools verwenden

  • Lokale Programme starten
  • Web Services verwenden
  • BLAST
  • Automatische Pipelines erstellen

Tabellarische Daten

  • Tabellen lesen und schreiben
  • Daten aus MS Excel / OpenOffice importieren
  • Sortieren nach mehreren Kriterien
  • Suchen in grossen Dateien
  • Filtern von Duplikaten

Statistische Analyse

  • Durchschnitt, Standardabweichung und Median berechnen
  • Chi-Quadrat-Tests
  • Die Schnittstelle von Python zu R

Datenvisualisierung

  • Scatterplots generieren   
  • Säulen-, Balken-, und Kuchendiagramme erstellen
  • Die Fläche unter einer Kurve berechnen (Area Under Curve, AUC)

Public Classroom Public Classroom
Teilnehmer aus verschiedenen Organisationen. Die Themen können hier nicht angepasst werden.
Von 3268EUR
(16)
Private Classroom Private Classroom
Die Teilnehmer sind aus einem Unternehmen. Externe Teilnehmer sind nicht erlaubt. Der Kurs ist speziell auf eine Gruppe zugeschnitten, Die Themen werden genau auf die Bedürfnisse der Teilnehmer abgestimmt.
Von 3268EUR
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Private Remote Private Remote
Der Anleiter und die Teilnehmer befinden sich an unterschiedlichen Orten und kommunizieren über das Internet miteinander.
Von 3690EUR
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Selbststudium Selbststudium
Das Selbststudium ermöglicht es Ihnen von Zuhause aus zu lernen. Vielfältige Materialien, wie Videos, Texte und Selbsttests stehen Ihnen dafür zur Verfügung.
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Number of Delegates Public Classroom Private Classroom Private Remote
1 3268EUR 3268EUR 3690EUR
2 2159EUR 2134EUR 2345EUR
3 1789EUR 1756EUR 1897EUR
4 1605EUR 1567EUR 1673EUR
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