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Schulungsübersicht
Einführung in Fiji und ImageJ
- Überblick über Fiji und seine Anwendungen in der wissenschaftlichen Forschung
- Verständnis der Architektur und Plugins von ImageJ
- Installation und Einrichtung von Fiji für optimale Leistung
Grundlegende Bildverarbeitungstechniken
- Bildakquise und Importformate
- Anpassung von Kontrast und Helligkeit sowie Anwendung von Filtern
- Bildstapelung und Projektionsmethoden
Fortgeschrittene Bildanalyse
- Segmentierungstechniken: Schwellenwertsetzung und Kantenerkennung
- Objektzählung und Partikelanalyse in histologischen Proben
- Messung von Flächen, Umfang und anderen morphologischen Merkmalen
Umgang mit biologischen Proben
- Verarbeitung von Bildern histologischer Gewebe, Blutzellen und Algen
- Farbdekonvolution und Analyse von angefärbtem Gewebe
- Zeitrafferanalyse und Verfolgung der Zellbewegung
Automatisierung und Anpassung
- Erstellung und Ausführung von Makros für wiederkehrende Aufgaben
- Nutzung von Fiji-Plugins für spezialisierte Analysen
- Grundlegende Scripting mit der ImageJ-Makro-Sprache (IJM)
Datenmanagement und Berichterstattung
- Exportieren von Ergebnissen und Erstellen von Berichten
- Annotieren von Bildern und Vorbereiten der Daten für die Veröffentlichung
- Best Practices für reproduzierbare Bildanalyse
Zusammenfassung und weitere Schritte
Voraussetzungen
- Grundverständnis biologischer Bildgebungsverfahren
- Vertrautheit mit Mikroskopie und histologischen Techniken
- Grundkenntnisse im Umgang mit Computern
Zielgruppe
- Forscher in der Biotechnologie und Umwelttoxikologie
- Laboranten, die mit histologischer und zellulärer Bildgebung arbeiten
- Wissenschaftler, die sich für quantitative Bildanalyse interessieren
14 Stunden
